給与計算において、特に休日出勤の割増賃金の計算は複雑です。おっしゃるように、会社が1ヶ月変形労働時間制を採用している場合、1ヶ月単位で休日を調整し、休日出勤に対して割増賃金を支払うことが一般的です。しかし、具体的な計算方法は就業規則や労働契約により異なります。

今回のケースでは、週6日勤務の従業員がいて、その中の1日が日曜日であり、この日曜日に1.35倍の割増賃金が支払われています。この日曜日は先月の計算に含まれており、先月の公休日が1日少なかったため、1.35倍の割増賃金が適用されたとのことです。

この場合、1.35倍の割増賃金は先月の公休日不足を補うためのものであり、今月の計算においては、通常の1.25倍の割増賃金が必要です。なぜなら、1ヶ月変形労働時間制では、1ヶ月単位で休日を調整し、休日出勤に対して割増賃金を支払うことが原則であり、先月の調整が今月の計算に影響を与えることはないからです。

したがって、今月の計算においては、週6日勤務の従業員に対して、日曜日の勤務に対する1.25倍の割増賃金を支払う必要があります。これにより、1ヶ月単位での休日調整と割増賃金の支払いが適切に行われることになります。

具体的な計算方法や就業規則については、社内の労務担当者や人事部門に確認することをお勧めします。また、労働基準監督署に相談することも可能です。