退職届を提出した後に会社が紛失し、再提出を求められた場合、まずは冷静に対応することが重要です。会社側に対して、退職届の提出を確認できる証拠（受領証やメールのやり取りなど）を提示することができれば、それを行うことをお勧めします。これにより、あなたが既に退職届を提出したことを明確にできます。

しかし、会社が再提出を求める場合、それが会社の手続き上の必要性である可能性もあります。その場合、新たに退職届を作成し、提出することが最善の対応となります。この際、会社側に対して、退職届の受領を確認するための手段（受領証の発行やメールでの確認など）を求めることも有効です。

また、会社が退職届を紛失したことについて、あなたのプライバシーや感情を尊重するように会社側に求めることも重要です。会社側があなたを不当に扱っていると感じる場合は、労働基準監督署や弁護士などの専門家に相談することも一つの選択肢です。

最後に、退職手続きは通常、会社との最後のやり取りとなるため、出来る限りスムーズに進めることが望ましいです。そのため、会社とのコミュニケーションを大切にし、可能な限り協力的に対応することが、あなたのためにも会社のためにも最善の選択となるでしょう。