退職予定の従業員が有給休暇の未使用分を申請した際に、過去の研修期間が有給扱いになっていないことが問題となり、さらに労基署への相談に対する会社側の反応が不適切であった場合、以下の点を考慮して対処することが重要です。

まず、日本の労働基準法により、従業員は有給休暇を取得する権利があります。有給休暇は、労働者が一定の勤続年数を満たした後、年次有給休暇として付与されます。この権利は法律によって保護されており、会社側がこれを無視することは違法です。

次に、研修期間については、研修が実質的に労働と同等の内容であった場合、有給扱いとすることが一般的です。研修期間中に労働が行われた場合、その期間は有給休暇として扱われるべきです。会社側がこれを否定する場合、労働者は労働基準監督署に相談することができます。

労基署への相談に対して、会社側が過度な圧力をかけたり、不適切な要求をしたりすることは、労働者の権利を侵害する行為です。このような場合、労働者は労働組合や弁護士に相談することが推奨されます。

最後に、退職後の労基署への問い合わせについては、退職後であっても過去の労働条件に関する問題は解決可能です。労基署は、労働者の権利を保護するために設置された機関であり、退職後であっても適切なアドバイスや支援を提供します。

このような状況にある従業員は、まず労働基準監督署に相談し、次に労働組合や弁護士に相談することで、自身の権利を守ることができます。