業務委託において報酬の不支払いが発生した場合、労働基準局と公正取引委員会のどちらに相談すべきかは、状況によって異なります。一般的に、労働基準法が適用されるのは、雇用関係が明確である正社員やパートタイマーなどの場合です。一方、業務委託契約は雇用関係ではなく、請負契約の一種であり、労働基準法の適用対象外となることが多いです。

このため、業務委託契約に基づく報酬の不支払いに関しては、労働基準局よりも公正取引委員会に相談する方が適切である可能性が高いです。公正取引委員会は、下請法（下請代金支払遅延等防止法）に基づいて、下請け業者の権利を保護し、適正な取引を確保する役割を持っています。

具体的には、公正取引委員会に対して下請法違反の告発を行うことで、報酬の支払いを求めることができます。また、公正取引委員会は、違反事実を調査し、是正勧告を行う権限を持っています。ただし、状況によっては労働基準局と公正取引委員会の両方に相談することも考えられますので、具体的な状況に応じて適切な対応を取ることが重要です。

また、法的措置を取る前に、まずは当事者間での話し合いや、弁護士などの専門家に相談することも有効です。法的措置には時間と手間がかかることが多いため、早期の解決を目指すためにも、専門家のアドバイスを受けることをお勧めします。