会社で同僚から暴行を受けた場合、被害届を出すことはあなたの権利であり、それを取り下げる必要はありません。日本の労働法により、職場での暴力行為は厳しく禁止されており、被害者が法的措置を取ることは正当な権利です。上司が被害届の取り下げを求めることは、法的に見て適切ではありません。

会社が被害届の取り下げを求める理由としては、企業のイメージや内部の風紀維持、あるいは加害者の処分に関する考慮などが考えられますが、これらはあなたの法的権利と比較して優先されるべきではありません。被害届を取り下げることで、あなたが会社をクビになるリスクは基本的にはありません。もし、そのような不当な扱いを受けた場合、労働基準監督署や弁護士に相談することができます。

また、被害届を取り下げることは、加害者が再び同様の行為を行うリスクを高める可能性があります。あなたの安全と権利を守るためにも、被害届を取り下げる必要はないと考えられます。

最終的な判断はあなた自身に委ねられますが、法的な権利と安全を第一に考えることをお勧めします。もし、不安や疑問がある場合は、弁護士や労働問題に詳しい専門家に相談することを検討してください。