アルバイトを掛け持ちしている場合、所得税の取り扱いは各雇用主によって異なることがあります。工場では通常の所得税が引かれている一方、ローソンでは引かれていなかったが、90,000円稼いだ時に少し引かれたということは、一定の収入を超えると所得税が発生することを示しています。

ファミマでの給料が初回から3,000円引かれている問題については、まず給料明細を要求することが重要です。給料明細がない場合、どのような項目で引かれているのかが不明確になります。店長が保険料と言っている場合、その保険が何であるかを明確にする必要があります。労働者は社会保険（健康保険、厚生年金保険）や労災保険に加入する権利がありますが、これらの保険料は通常、給料から天引きされます。しかし、加入手続きが行われていない場合、保険料を支払う必要はありません。

このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は労働者の権利を保護し、違法な労働条件や給与の不払いなどの問題を調査する権限を持っています。また、労働組合に加入することも一つの選択肢です。労働組合は労働者の権利を擁護し、労働条件の改善に努めています。

最後に、今後のアルバイト先を選ぶ際には、労働条件や給与体系が明確にされているか、給料明細が提供されるかなどを確認することが重要です。これにより、給与の不払いや違法な控除などの問題を未然に防ぐことができます。