日本の労働基準法により、有給休暇は労働者の権利として保障されています。しかし、有給休暇を取得する際には、通常、事前の申請と上司の承認が必要とされています。あなたの場合、体調不良で休んだ日が有給休暇として処理されているにもかかわらず、上司から事前に有給休暇を取る旨の連絡がなかったということです。

このような状況に対処するためには、まず、上司に直接話し合いを持つことが重要です。上司に対して、体調不良で休んだ日が有給休暇として処理されていることに気づいたが、事前に有給休暇を取る旨の連絡がなかったことを伝え、その理由を尋ねることができます。また、普段は申請書を出して上司と総務の許可を得てから有給休暇が取れるというルールがあるにもかかわらず、今回はその手続きがなかったことも伝えると良いでしょう。

さらに、今まで有給休暇を自分の意思で取れたことがなく、毎回1〜3日前に上司から有給休暇を取るよう指示されているという状況も、上司に伝えると良いでしょう。これは、有給休暇の取得に関する労働者の権利を侵害している可能性があります。

もし、上司との話し合いで解決策が見つからない場合や、上司が合理的な説明をしない場合は、労働基準監督署に相談することも検討してください。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための行政機関であり、労働問題に関する相談を受け付けています。

最後に、今後のために、有給休暇の取得に関する会社の規則や手続きを確認し、自分の権利を理解することが重要です。これにより、同様の問題が発生した際に、適切に対処することができます。