日本の労働基準法により、全ての労働者は年間に最低10日間の有給休暇を取得する権利があります。この権利は、労働者が6か月間継続勤務し、所定労働日の8割以上出勤した場合に発生します。ご質問のケースでは、会社がシフト制を理由に有給休暇の取得を認めないことは、労働基準法に違反している可能性があります。

また、シフトが決まった後に出勤日を休んだ場合に欠勤扱いとすることも、労働者の権利を侵害していると考えられます。労働基準法では、有給休暇の取得は労働者の権利であり、会社はこれを理由に給与の減額や不利益な取り扱いをすることはできません。

中小企業であっても、労働基準法の規定は適用されます。経営者の経営判断により有給休暇の支払いが困難であるという理由で、労働者の権利を侵害することは許されません。

労基署に相談することは、労働者の権利を守るための一つの手段です。労基署は、労働基準法違反の事実を調査し、必要に応じて是正勧告や指導を行います。ただし、労基署の介入が会社の経営に影響を与えることはありません。労基署は、労働者の権利を守るために行動し、会社の経営に直接的な影響を与えることはありません。

このような問題に対処するためには、まずは労働組合に加入することを検討することも一つの方法です。労働組合は、労働者の権利を守るために交渉や支援を行います。また、弁護士に相談することも、法的な観点から問題を解決するための一つの手段です。

以上の情報を参考に、適切な対応を取ることをお勧めします。