自己申告制の残業時間及び休日出勤時間について、給与明細の時間と申告した時間が大きく異なる場合、労働者はいくつかの対策を取ることができます。まず、労働基準法により、労働者は正確な残業時間と休日出勤時間に対する適切な賃金を受け取る権利があります。この権利を行使するために、労働者はまず会社に対して、給与明細と申告時間の差異について質問し、その理由を明確に求めることができます。

会社が合理的な説明を提供しない場合、またはその説明が労働者にとって納得できない場合、労働者は労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は、労働基準法の遵守状況を監督し、労働者の権利を保護するための機関です。労働者は、労働基準監督署に対して、給与明細と申告時間の差異について調査を依頼することができます。

また、労働者は労働組合に加入し、組合を通じて会社と交渉することもできます。労働組合は、労働者の権利を擁護し、労働条件の改善を目指す組織です。労働組合は、労働者の代わりに会社と交渉し、給与明細と申告時間の差異についての解決策を模索することができます。

さらに、労働者は法律相談所や弁護士に相談することもできます。法律相談所や弁護士は、労働者の権利についての専門的なアドバイスを提供し、必要に応じて訴訟を起こすこともできます。

以上のように、労働者は給与明細と申告時間の差異について、会社に対して質問し、労働基準監督署や労働組合、法律相談所や弁護士などの外部機関に相談することができます。これらの措置を通じて、労働者は自分の権利を擁護し、適切な賃金を受け取ることができます。