あなたの状況は、日本の労働法と就業規則の複雑な相互作用に関わるものです。まず、休職と退職の関係についてですが、休職中であっても退職は可能です。ただし、退職の手続きは通常通り行う必要があり、就業規則に定められた退職の申し出期間を守ることが重要です。あなたの場合、退職の3か月前に申し出る必要があるとのことですが、これは法的な要件であり、これを守らないと退職が認められない可能性があります。

次に、引き継ぎの書類作成についてですが、これは通常、退職前に行うべき業務です。しかし、あなたの健康状態を考慮すると、この作業を自宅で行うことが許されるかどうかは、会社の方針や上司の判断によります。交渉の余地はありますが、その結果は保証できません。

最後に、労基署と弁護士への相談についてです。労基署は労働条件や労働時間、賃金などの労働問題に関する相談を受け付けています。あなたの場合、退職手続きや休職中の扱いなど、労働法に関する疑問があるため、労基署への相談は有益です。一方、弁護士は法的な専門家であり、より具体的な法的アドバイスや交渉の代行などを行うことができます。特に、会社との交渉が難航している場合や、法的な対応が必要と判断される場合には、弁護士への相談も考慮すべきです。

結論として、まずは労基署に相談し、その後必要に応じて弁護士に相談することをお勧めします。これにより、あなたの権利を守りながら、適切な退職手続きを進めることができるでしょう。