会社で昼休みに自宅用の買い物をすることが違反かどうかは、会社の就業規則や社内のルールによります。あなたの会社の就業規則には「昼休憩は自由に利用させること」とありますが、社長からは「公私混同をするな」と言われています。これは、会社が個人的な利用と業務の利用を明確に区別したいと考えていることを示しています。

日本の職場では、公私の区別が重視されることが多く、特に管理職やリーダーが個人的なことを業務時間中に行うことは避けるべきとされています。また、他の従業員が同じ行動をとることを防ぐためにも、社長はこのような指示を出した可能性があります。

しかし、就業規則が「昼休憩は自由に利用させること」と明記している以上、理論的には昼休みに買い物をすること自体は違反ではありません。ただし、社長の指示に従うことも重要です。社長の指示に従うことで、職場の秩序を保ち、良好な人間関係を維持することができます。

また、あなたが16年間勤務している会社であれば、社長とのコミュニケーションを取ることも一つの方法です。社長に対して、就業規則の内容と自分の状況を説明し、理解を求めることもできます。ただし、その場合でも、社長の指示に従うことを前提として話し合いを進めることが重要です。

最終的には、会社のルールと社長の指示に従うことが最善の策となります。あなたの状況を考えると、退社後に買い物をすることで、社長の指示に従いつつ、自分の生活もサポートすることができるでしょう。