代休に関する法的な制限については、労働基準法により、使用者は労働者に対して休日出勤をさせた場合、その代償として代休を与えることが義務付けられています。しかし、代休の取得に関する具体的な期間制限は法律上明確に定められていません。これは、代休が労働者の権利である一方で、その行使は使用者との合意に基づくところが大きいためです。

あなたの場合、36協定の残業上限を超えた場合に代休で対応することについて疑問を持っているようですが、36協定はあくまでも法定労働時間を超える残業に関するものであり、超過分に対する賃金の支払いが原則です。ただし、労使協定により、超過分を代休とすることが合意されている場合には、それが認められる可能性があります。

また、代休が有給休暇と同様に2年で無効になるという情報については、労働基準法第115条により、年次有給休暇は2年間の時効がありますが、代休についてはこのような明確な時効規定はありません。したがって、代休の有効期限については、労使間の合意が重要となります。

これらの点については、労働基準監督署や弁護士などの専門家に相談することをお勧めします。また、労働組合に加入し、労使交渉を通じて問題解決を図ることも一つの方法です。