日本の労働法において、退職時に会社が従業員から特定の資格証明書を返却させることについて明確な規定はありません。しかし、一般的に、資格証明書は個人の所有物であり、会社が無断で破棄や切断を行うことは法的に問題があると考えられます。

会社が資格取得を指示した場合でも、その資格は従業員個人のものであり、会社がそれを制約する権利はありません。再発行の手続きや費用については、会社が負担すべきではないかと考えられます。

このような状況にある場合、まずは就業規則や労働契約書を確認し、資格証明書の取り扱いについての記載がないか確認することが重要です。それでも解決しない場合、労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。

また、このような問題を避けるために、資格取得時に会社と明確な契約を結ぶことも一つの方法です。それにより、退職時のトラブルを未然に防ぐことができるかもしれません。