日本の労働基準法に基づき、労働者の給与は労働時間に基づいて計算されるべきです。給料明細から労働時間が控除されるということは、法的に問題がある可能性が高いです。労働基準監督署（労基）に告発し、監査が行われたにもかかわらず、過去の書類が紛失したために、現在の状況を証明することが困難になっているとのことです。

労基からの回答にあるように、書類がなくなったからといって、即座に労働者が不利になるわけではありません。しかし、証拠がない場合、労基も法的に何もできないという立場になります。このような状況は、労働者にとって非常に不利ですが、法的にはあり得る状況です。

このような問題に対処するためには、労働者が日頃から自身の労働時間や給与に関する記録をしっかりと残しておくことが重要です。タイムカードのコピーや、給与明細の保存、勤務時間を記録したノートなどがその例です。これらの記録は、万が一の時に法的な証拠として使用することができます。

また、労働組合に加入し、組合の力を借りることも一つの解決策です。労働組合は、労働者の権利を守るための交渉や法的支援を行うことができます。

最後に、このような問題が発生した場合、労働基準監督署だけでなく、弁護士などの専門家に相談することも検討するべきです。専門家は、法的な観点から問題を分析し、最適な解決策を提案してくれるでしょう。