日本の労働基準法によると、会社は遅刻に対して減給を行うことができますが、その額には制限があります。具体的には、減給の総額が一回の賃金支払い期間における賃金の10分の1を超えてはならず、また、一回の減給は賃金の4分の1を超えてはならないとされています。したがって、一分の遅刻に対して1000円の減給が違法かどうかは、その従業員の賃金額によります。例えば、月給が20万円の場合、一回の減給は5万円を超えてはならず、また、一回の賃金支払い期間における減給の総額は2万円を超えてはなりません。これらの条件を満たしていない場合、減給は違法となります。従業員は、このような違法な減給に対して、労働基準監督署に申告することができます。