あなたの会社で発見された問題は、企業間の信頼関係と内部統制の重要性を浮き彫りにしています。このような不正行為を穏便に解決するためには、以下のステップを考慮することが重要です。

1. 調査の実施: まず、事実関係を明らかにするための調査を行います。これには、社員と仕入先A社との間の金銭の流れを追跡し、証拠を集めることが含まれます。

2. 法的観点の確認: この行為が法的にどのように捉えられるかを確認します。就業規則に違反していることは明らかですが、さらに、これが背任や詐欺といった犯罪に該当する可能性も考慮する必要があります。

3. 社員との対話: 証拠が揃ったら、その社員と冷静に対話を行います。この際、彼らがどのようにこの行為に至ったのかを理解し、改めて就業規則を遵守することを求めます。

4. 仕入先との再交渉: A社との関係も見直す必要があります。このような不正が行われていたことを考えると、A社との契約条件や支払い方法を再検討することが賢明です。

5. 内部統制の強化: この事件を通じて、会社の内部統制を強化する機会とします。例えば、経理プロセスの透明化、第三者による監査の導入、社員教育の強化などが考えられます。

6. 社長への報告: 最終的には、社長にこの問題を報告することが必要です。その際、調査結果と対策案をまとめて報告し、社長の判断を仰ぐことが重要です。

このような不正行為は、企業の信頼を損なう重大な問題です。迅速かつ適切に対処することで、会社の健全な運営を維持することができます。