退職を考えている際に、仕事中のミスによる損害賠償や有給休暇の取得について不安を感じることは理解できます。まず、仕事中のミスによる損害賠償についてですが、日本の労働基準法では、労働者が業務中に生じた損害に対して賠償責任を負う場合があります。ただし、これは故意または重大な過失による場合に限られ、通常の業務上の過失による損害については、使用者は労働者に対して賠償を求めることができません。数千円程度の損害であれば、通常は賠償を求められる可能性は低いと考えられます。ただし、これは各企業の就業規則や労使間の合意により異なる場合があるため、具体的な状況については会社の人事部門に確認することをお勧めします。

次に、有給休暇の取得についてですが、労働基準法では、6ヶ月以上継続勤務し、所定労働日の8割以上出勤した労働者に対し、有給休暇を与えることが義務付けられています。あなたの場合、過去3年間有給休暇を消化していないとのことですが、これは労働基準法違反となる可能性があります。会社に対して有給休暇の取得を申請し、法的に認められた権利を行使することができます。もし会社が有給休暇の取得を拒否する場合、労働基準監督署に相談することも可能です。

退職を考えている段階であれば、これらの問題については、退職交渉の際に明確にしておくことが重要です。会社との良好な関係を維持しつつ、自身の権利をしっかりと主張することが求められます。