会社の制度変更に伴い、制度変更に同意しない者が退職となる場合、その退職が会社都合退職になるか自己都合退職になるかは、制度変更の内容とその影響によります。

まず、制度変更が全体的に好待遇になる場合でも、一部の社員にとっては不利になる可能性があります。例えば、ボーナスが無かったものが有りになる代わりに月給が下がるという変更は、一部の社員にとっては経済的な負担が増すことになります。このような場合、その社員が退職を選ぶことは自己都合退職と見なされる可能性が高いです。

しかし、制度変更が会社の存続や業務の効率化に不可欠であり、それにより多くの社員が恩恵を受ける場合、会社都合退職と見なされる可能性もあります。この場合、会社は社員に対して合理的な説明と補償を行う必要があります。

また、制度変更が法律に違反していないか、労働基準法や労働契約法に基づいて適切に行われているかも重要です。違法な制度変更による退職は、自己都合退職として扱われることがあります。

最終的に、このようなケースは個別の状況によりますので、労働基準監督署や弁護士などの専門家に相談することをお勧めします。彼らは、具体的な状況を詳しく分析し、最適なアドバイスを提供してくれるでしょう。