はい、小さな会社であっても退職前に有給休暇を消化することは可能です。日本の労働基準法第39条により、有給休暇は労働者の権利として保障されています。この法律によれば、労働者は年次有給休暇を取得する権利があり、使用者はこれを拒むことができません。

あなたの場合、退職願を提出した後も有給休暇を使用する権利があります。会社がこれを拒否することは法律に違反しています。会社の方針や慣習が法律に反している場合、それは無効です。

あなたの上司の反応は法的に見て不適切です。会社が有給休暇の使用を拒否する場合、労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は労働基準法の遵守を確認し、必要に応じて是正勧告を行います。

また、会社との関係を悪化させたくないとのことですが、法的権利を行使することは正当な行為であり、会社との関係を悪化させる原因にはなりません。むしろ、会社が法律を遵守しない状況を放置することは、他の労働者にとっても問題となる可能性があります。

最後に、会社との話し合いを通じて解決を図ることも一つの方法です。社長や人事担当者と冷静に話し合い、法律に基づいた対応を求めることができます。その際、労働基準法の関連条文を提示することで、自分の主張の根拠を明確にすることができます。

以上の情報を参考に、あなたの権利を守り、適切な手段で有給休暇の消化を進めてください。