労働基準法に基づいて退職届を提出した場合、会社がその受理を拒否することは法的に認められていません。労働基準法第20条により、労働者は退職の意思を表明することで、労働契約を解除する権利を持っています。この権利は、労働者の自由意思に基づくものであり、会社がこれを拒否することはできません。

ただし、退職手続きにおいては、会社が定める一定の形式や手続きに従うことが求められる場合があります。これは、退職に伴う各種手続き（源泉徴収票の発行、社員証の返却など）を円滑に進めるためです。そのため、会社が指定する退職届の形式を使用することが一般的です。

あなたの場合、会社指定の退職届を使用していなかったため、会社が受理を拒否したという状況です。これは、形式的な問題であり、法的な拒否権の行使ではありません。したがって、会社指定の退職届を使用して再度手続きを行うことで、退職を円滑に進めることができるでしょう。

また、退職に関する手続きは、労働者の権利と会社の義務があるため、双方が協力して進めることが重要です。会社側も、労働者の退職を法的に認める義務がありますので、適切な手続きを行うことで、円満な退職が可能となります。

最後に、退職後の就職活動に影響を与えないためにも、退職手続きは適切に行うことが大切です。会社との良好な関係を維持することで、今後のキャリアにもプラスとなるでしょう。