36協定において、休日出勤の扱いは複雑であり、会社ごとに解釈が異なることがあります。基本的に、36協定で定められた残業時間の上限は、通常の労働日における残業時間を指します。したがって、休日出勤の時間は原則としてこの上限に含まれません。ただし、休日出勤が頻繁に行われる場合や、特定の業務上の理由がある場合には、その時間を残業時間として計上することがあります。これは、労働基準法の精神に基づき、過度の労働による健康への影響を防ぐためです。しかし、このような取り扱いは会社の就業規則や36協定の具体的な条項に明記されている必要があります。あなたの職場では、日曜出勤の時間を残業時間に含めるという指示が出ていますが、これが会社のルールに基づくものなのか、あるいは誤解によるものなのかを確認することが重要です。就業規則や36協定の条項を再確認するか、労働基準監督署に相談することをお勧めします。