日本の労働基準法により、労働者は有給休暇を取得する権利があります。有給休暇の取得は、労働者の健康保持や福祉増進のために重要であり、使用条件を制限することは違法となります。また、残業代の支払いは労働基準法で定められており、残業時間に応じた割増賃金を支払うことが義務付けられています。会社がボーナスに残業代を含めることは、労働者に対して明確な説明がない場合、違法と判断される可能性があります。さらに、タイムカードがないことで労働時間の把握が困難となり、労働基準法違反のリスクが高まります。これらの問題に対処するために、まずは労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働条件の改善や違法行為の是正を行う公的機関であり、労働者の権利を守るための支援を提供します。また、労働組合に加入することも、労働条件の改善に向けた交渉力を強化する一つの方法です。労働組合は、労働者の権利を擁護し、公正な労働条件を確保するために活動しています。これらの措置を通じて、労働条件の改善を図り、労働者の権利を守ることができるでしょう。