専門業務型裁量労働制において、残業代の扱いは複雑です。この制度は、特定の業務において労働者が自らの裁量で労働時間を決定できる仕組みです。しかし、これは残業代が発生しないという意味ではありません。具体的には、裁量労働制の下でも、法定労働時間（1日8時間、週40時間）を超えて労働した場合、原則として残業代が発生します。ただし、裁量労働制の特性上、実際の労働時間がどの程度かを正確に把握することが難しいため、残業代の計算も複雑になります。

また、2019年の法改正により、裁量労働制の適用には労働者の同意が必要となりました。これは、新たに裁量労働制を適用する場合に労働者の同意を得ることを義務付けたものです。既に裁量労働制で働いている労働者については、法改正前から適用されているため、新たに同意を求められることはありません。ただし、この改正は労働者の権利を保護するためのものであり、既に適用されている労働者も、自身の権利を理解し、必要に応じて労働基準監督署などに相談することが重要です。