日本の労働基準法によると、労働時間が6時間を超えない場合、休憩を取る必要はありません。しかし、会社の就業規則によっては、正社員に対して6時間以下の労働でも休憩を義務付けている場合があります。これは会社の裁量であり、労働基準法に違反しているわけではありません。

あなたの場合、6時間の時短勤務で1時間遅刻し、結果として実働5時間となったため、理論上は休憩を取る必要がないはずです。しかし、上司からは休憩を取らなければならないと言われ、結果として遅刻扱いとなったとのことです。

この状況では、まず会社の就業規則を確認することが重要です。就業規則に6時間以下の労働でも休憩を取ることが明記されている場合、上司の指示に従うべきです。一方、就業規則にそのような記載がない場合、労働基準法に基づいて休憩を取る必要はないと主張することができます。

また、このような問題が頻繁に発生する場合、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。労働基準監督署は、労働基準法の適用についての指導や助言を行ってくれます。

最後に、職場環境や上司との関係を考慮することも重要です。遅刻扱いとなったことについて、上司との間で誤解がないように、冷静にコミュニケーションを取ることが望ましいでしょう。