日本の労働法において、土曜日の出勤に関する補償や代替出勤の扱いは、会社の就業規則や労働契約によって異なります。一般的に、法定休日（日曜日）以外の休日に出勤した場合、会社は労働者に対して代替休暇を与えるか、割増賃金を支払うことが求められます。

ご質問のケースでは、特定の土曜日に全員出勤となり、出勤できない人に別の土曜日に出勤するよう指示が出されたとのことです。この指示が労働者にとって不利益となる場合、労働基準法に基づき、労働者の同意がなければ無効となる可能性があります。

具体的には、以下の点を考慮する必要があります：

1. 代替出勤の合意: 会社が代替出勤を指示する場合、その内容が就業規則に明記されているか、または労働者との間で事前に合意されている必要があります。
2. 割増賃金: 代替出勤が認められない場合、会社は法定の割増賃金を支払う義務があります。
3. 労働者の同意: 代替出勤について、労働者の同意が得られない場合、会社は他の補償方法（例：代休、割増賃金）を検討する必要があります。

このような状況では、労働者と会社の間で話し合いを行い、互いに納得できる解決策を見つけることが重要です。労働基準監督署に相談することも一つの選択肢です。

まとめると、代替出勤が認められるかどうかは、会社の就業規則や労働契約、そして労働者の同意に依存します。労働者が代替出勤に納得できない場合、会社は法的に求められる補償を提供する必要があります。