台風などの自然災害により会社が休業する場合、社員の給与や休暇の扱いは労働基準法に基づいて判断されます。労働基準法第26条によると、使用者が天災事変その他避けることのできない事由により休業を命じた場合、使用者は休業期間中の賃金の一部を支払わなければなりません。具体的には、休業期間中の賃金の60%以上を支払う必要があります。

したがって、台風の影響により会社が休業した場合、社員全員の休暇を有給休暇として処理することは、労働基準法に違反する可能性があります。会社は、休業期間中の賃金の一部を支払う必要があり、全てを有給休暇として処理することは正当な判断とは言えません。

また、労働基準法第39条によると、有給休暇は労働者が自由に取得できる権利であり、使用者が勝手に有給休暇を付与することはできません。したがって、台風の影響により会社が休業した場合、社員全員の休暇を有給休暇として処理することは、労働者の権利を侵害する可能性があります。

以上のことから、台風の影響により会社が休業した場合、社員全員の休暇を有給休暇として処理することは正当な判断とは言えません。会社は、労働基準法に基づいて休業期間中の賃金の一部を支払う必要があります。