日本の労働基準法によると、有給休暇は労働者が業務外の理由で休暇を取る権利です。しかし、有給休暇の使用には一定のルールがあります。具体的には、有給休暇は事前に申請し、使用する日を決める必要があります。そのため、部下が勝手に帰宅し、後日その日を有給休暇にしたいと言った場合、それは通常の有給休暇の使用とは異なります。

このような場合、まずは会社の就業規則を確認することが重要です。就業規則によっては、このような行為を欠勤または早退として扱うことが定められている可能性があります。また、就業規則に特に定めがない場合でも、このような行為が会社の秩序を乱すものと判断される可能性があります。

そのため、このような場合は、まずは部下に対して、事前に有給休暇を申請することの重要性を説明することが必要です。そして、会社の就業規則に基づいて、このような行為をどのように扱うかを決定することが重要です。

また、部下が体調不良や親族の不幸などの理由で急に休暇を取る必要がある場合、会社はそのような状況を理解し、柔軟に対応することが求められます。そのため、会社はこのような状況に対応するためのルールを就業規則に定めておくことが望ましいです。

以上のように、部下が個人的な理由で勝手に帰宅し、後日その日を有給休暇にしたいと言った場合、それを有給休暇として扱うかどうかは、会社の就業規則や会社の秩序を維持するためのルールに基づいて判断する必要があります。