日本の労働基準法によると、労働時間は労働者が使用者の指揮命令下に置かれている時間と定義されています。つまり、通勤時間が労働時間に含まれるかどうかは、その時間が使用者の指揮命令下にあるかどうかによります。一般的に、通常の通勤（自宅から会社まで、会社から自宅まで）は労働時間に含まれません。しかし、現場仕事の場合、特別な通勤（会社から現場まで、現場から自宅まで）は、使用者の指揮命令下にあると見なされることがあります。

あなたの場合、現場までの通勤に2時間、現場から自宅まで1時間30分かかり、これらの時間中に特に業務を行っていないとのことです。この場合、通勤時間が労働時間に含まれるかどうかは、会社の就業規則や労使協定によります。就業規則に特別な通勤時間が労働時間に含まれると明記されている場合、その時間は労働時間としてカウントされます。

フレックスタイム制を導入している会社の場合、労働時間の管理はコアタイムとフレキシブルタイムで行われます。コアタイムは必ず働かなければならない時間帯で、フレキシブルタイムは労働者が自由に働く時間帯です。あなたの場合、1時間40分の不足時間を他の日の残業から補填するか、フレキシブルタイム内で調整することが可能です。ただし、これも会社の就業規則によりますので、詳細は会社の人事部門に確認することをお勧めします。

まとめると、通勤時間が労働時間に含まれるかどうかは会社の就業規則により、フレックスタイム制の場合は不足時間を他の日の残業やフレキシブルタイムで調整することが可能です。