派遣会社を通しての正社員採用とハローワークの求人で基本給に差が出る理由は、主に以下の点にあります。

まず、派遣会社は人材紹介サービスを提供することで利益を得ています。そのため、派遣会社を通しての採用では、そのサービス料が給与に反映されることがあります。これにより、ハローワークの求人よりも基本給が高く設定されることがあります。

次に、派遣会社を通しての採用は、企業が直接採用するよりもリスクが低いと考えられています。派遣会社は、採用する前に候補者のスキルや適性を評価するプロセスを経ているため、企業側はその評価を信頼して採用を決定することができます。この信頼性の高さが、基本給の差として反映されることがあります。

また、派遣会社を通しての採用は、企業が直接採用するよりも柔軟性が高いとされています。企業は、特定のプロジェクトや期間限定での人材確保が必要な場合、派遣会社を利用することで、そのニーズに合わせた人材を確保することができます。この柔軟性も、基本給の差として反映されることがあります。

最後に、派遣会社を通しての採用は、企業が直接採用するよりもコストが低いとされています。企業は、採用にかかるコスト（広告費、面接の時間やコストなど）を削減することができます。このコスト削減も、基本給の差として反映されることがあります。

以上の理由により、派遣会社を通しての正社員採用とハローワークの求人で基本給に差が出ることがあります。ただし、これらの理由は一例であり、実際の状況によっては異なる可能性があります。