派遣で働き始めて二週間で腰痛が再発し、退職願いを出したものの、派遣会社から今月末まで働くよう求められた場合、まずは自身の健康を最優先に考えるべきです。腰痛が悪化し、生活に支障が出ることを避けるため、派遣会社との間で話し合いを行うことが重要です。

まず、派遣会社に対して、医師の診断書や治療の必要性を示す資料を提出し、健康状態が仕事に耐えられないことを明確に伝えます。これにより、派遣会社も法的な責任を回避するために柔軟に対応する可能性が高まります。

次に、派遣会社との話し合いでは、以下の点を明確にすることが重要です。

1. 腰痛の原因となっている立ち仕事の内容を具体的に説明し、それが健康に与える影響を伝える。
2. 医師の指示に基づき、治療や安静を必要とする期間を提示する。
3. 派遣会社が求める今月末までの勤務を無理に続けることのリスク（健康悪化、労災申請の可能性など）を説明する。

また、派遣会社が求める期間内に別の職務に変更できる可能性も探る価値があります。例えば、座って行える仕事や、腰痛に影響を与えない軽作業などがあれば、それを提案することも一つの解決策です。

最後に、派遣会社との交渉が難航した場合、労働基準監督署や労働組合に相談することも検討してください。これらの機関は労働者の権利を守るための支援を行っており、法的な観点からアドバイスを受けることができます。

総じて、健康を損なうリスクを最小限に抑えるために、派遣会社とのコミュニケーションを積極的に行い、自身の権利をしっかりと主張することが重要です。