あなたのメールは、基本的に適切な形式で書かれています。しかし、いくつかの点で改善が可能です。

まず、「一身上の都合」という表現は、具体的な理由を隠したい場合に使用されることが多いです。しかし、あなたの場合、具体的な理由を提供しているため、この表現は不要かもしれません。代わりに、「健康上の理由により」や「治療のため」など、より具体的な表現を使用することをお勧めします。

次に、「できれば直接お会いして相談したいと考えておりますので、お時間をいただくことはできますでしょうか。」という部分は、店長のスケジュールを考慮していますが、より具体的な日時を提案すると良いでしょう。例えば、「来週の水曜日の午後3時頃にお会いして相談したいと考えておりますが、お時間はいかがでしょうか。」のようにします。

最後に、メールの最後に、「辞めることになった理由については、直接お話ししたいと思いますので、お時間をいただければ幸いです。」のように、具体的な理由を直接話すことを明示すると、店長の理解が得られやすくなります。

以上の点を踏まえて、メールを修正すると以下のようになります。

「お疲れ様です。
お忙しいところ、申し訳ございません。
健康上の理由により12月31日でアルバイトを辞めさせていただきたいと思い、連絡をさせていただきました。
来週の水曜日の午後3時頃にお会いして相談したいと考えておりますが、お時間はいかがでしょうか。

辞めることになった理由については、直接お話ししたいと思いますので、お時間をいただければ幸いです。

お手数をおかけいたしますが、よろしくお願いいたします。」

このようにすることで、店長に対してより明確で誠実な印象を与えることができます。