会社側から辞めるように言われた後に体調不良で会社に行けない場合、休むことは基本的に問題ありません。日本の労働基準法では、労働者の健康を最優先に考慮することが定められており、体調不良がある場合には休む権利があります。ただし、その旨を上司や人事部門に連絡し、可能であれば医師の診断書などを提出することが望ましいです。また、退職の手続きが完了していない場合は、その進捗状況を確認し、必要な手続きを行うことが重要です。会社側が退職に関して強硬な態度を取る場合でも、労働者の健康を優先することが法的にも社会的にも正当であることを理解しておくと良いでしょう。