大阪府の最低賃金が1114円に引き上げられたことにより、労働者の賃金が最低賃金を下回らないようにすることが重要です。ご質問のケースでは、時給1040円に指導手当を加えた時給換算額が1140円となり、最低賃金を上回っています。しかし、残業時間については別途考慮が必要です。

残業代は通常、法定労働時間（1日8時間、週40時間）を超えた労働に対して支払われ、その割増率は少なくとも25%以上とされています。つまり、時給1040円の場合、残業時間に対する賃金は1040円の1.25倍、すなわち1300円以上となるべきです。

この残業代の計算においても、指導手当などの各種手当は含まれません。したがって、残業時間に対する賃金は、基本時給の1040円に対して割増し分が加算される形となります。具体的には、1040円×1.25=1300円が残業時間1時間あたりの賃金となります。

この1300円は、大阪府の最低賃金1114円を上回っているため、法的に問題はありません。ただし、実際の賃金支払いにおいては、全ての手当を含めた総支給額が最低賃金を下回らないようにすることが求められます。

また、労働基準法に基づく労働時間の制限や休憩時間の確保、年次有給休暇の付与なども遵守する必要があります。これらの点を確認し、適切な賃金管理を行うことが重要です。