住宅手当を含めた給与の計算において、手取り額が期待した金額にならない場合、いくつかの要因が考えられます。まず、住宅手当は非課税所得として扱われることが多いですが、その扱いは会社によって異なります。一部の会社では、住宅手当を課税対象として扱うこともあり、その場合は所得税や住民税が差し引かれるため、手取り額が減少します。

次に、社会保険料（健康保険、介護保険、厚生年金保険など）や雇用保険料も給与から天引きされます。これらの保険料は給与額に応じて変動するため、住宅手当を含めた総支給額に基づいて計算されます。その結果、手取り額が減少することがあります。

また、源泉徴収税額も考慮する必要があります。源泉徴収税額は、給与や賞与の額に応じて計算され、年末調整で精算されます。住宅手当が含まれることで、源泉徴収税額が増加し、手取り額が減少する可能性があります。

さらに、会社の給与計算方法や控除項目の設定によっても、手取り額が変動します。例えば、通勤手当や家族手当などの非課税所得がある場合、それらも手取り額に影響を与える可能性があります。

以上の点を考慮して、再度給与明細を確認し、各項目の計算方法を確認することをお勧めします。また、不明点がある場合は、会社の給与担当者に問い合わせることで、正確な手取り額の計算方法を確認することができます。