異動の希望が叶わなかった場合の退職が自己都合になるかどうかは、具体的な状況や会社の退職規定によります。一般的に、自己都合退職とは、個人的な理由で退職を希望する場合を指します。一方、会社都合退職とは、会社の経営状況や組織改編など、会社側の理由で従業員を退職させる場合を指します。

あなたの場合、当初希望していた地元のA病院への異動が叶わず、他市のB病院に勤務しています。その後も毎年A病院への異動を希望していますが、5年以上経過しても異動が叶わないとのことです。このような状況で退職を選択した場合、退職理由が自己都合になるかどうかは、会社の規定や人事の判断によります。

ただし、会社が当初「いずれ異動も考慮できる」と言っていたにもかかわらず、長期間異動が叶わない状況が続いていることは、会社側の対応に問題があると考えられます。このような場合、退職理由を自己都合とすることに納得がいかない場合は、人事に相談し、退職理由を会社都合とする可能性を探ることができます。

また、退職金の額が自己都合退職の場合に減額されることも考慮する必要があります。退職金の計算方法や減額の条件は会社によって異なりますので、人事や労働組合に確認することをお勧めします。

最終的な判断は、あなた自身の状況や会社の規定、人事の対応によります。退職を決断する前に、できるだけ多くの情報を集め、慎重に判断することが重要です。