退職の旨を伝えるタイミングについては、会社の内部規定や慣習に従うことが一般的です。社長から2週間待つよう指示された場合、その指示に従うことが通常は適切です。ただし、現場のスケジュールや有休消化などの実務的な問題を考慮すると、その指示が現実的でない場合もあります。その場合、社長に対して現場の状況を具体的に説明し、退職の旨を早めに伝えることを提案することが考えられます。社長が現場の状況を理解していないと感じる場合でも、直接的に無視するのではなく、丁寧に説明することが重要です。

有給休暇については、労働基準法に基づき、年間で最低10日の有給休暇が労働者に付与されることが義務付けられています。会社が法律で定められた日数よりも少ない有給休暇を付与している場合、労働者はその差分を請求することができます。具体的な手続きについては、労働基準監督署に相談するか、労働組合に加入している場合は組合を通じて交渉することが一般的です。