日本の労働基準法により、会社は労働者に対して違法な罰金を課すことはできません。遅刻に対する罰金は、労働基準法第24条に違反する可能性があります。この条文は、賃金の全額払いの原則を定めており、会社が労働者の賃金を不当に控除することを禁止しています。また、遅延証明書が提出されたにもかかわらず認められなかったことも、労働者の権利を侵害している可能性があります。このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための行政機関であり、労働基準法違反の是正を行います。また、労働組合に加入することも一つの解決策です。労働組合は、労働者の権利を擁護し、労使間の交渉を支援します。このような状況では、労働者の権利を守るために適切な措置を講じることが重要です。