台風時の派遣社員の勤怠に関するご質問について、以下の点をご説明いたします。まず、台風などの自然災害時における勤務形態は、各企業の就業規則や労働契約により異なります。派遣社員の場合、基本的には派遣元企業と派遣先企業の間で取り決められた契約内容に従うことになります。ご質問のケースでは、派遣先企業が台風時に社員は在宅勤務が可能である一方、派遣社員には出社か欠勤かの選択を求めている状況です。これは、派遣社員が直接的に派遣先企業と雇用契約を結んでいないため、勤務形態の柔軟性が制限されることがあるからです。

欠勤扱いとなる場合、給与が減額されることが一般的です。ただし、台風などの自然災害により通勤が困難な場合、労働基準法に基づき、使用者は労働者の安全を確保する義務があります。そのため、派遣元企業が派遣先企業の指示に従うという立場であっても、労働者の安全を最優先に考慮する必要があります。

欠勤分の給与を請求することについては、派遣元企業と派遣先企業の間での取り決めによりますが、労働者の安全確保が法的義務であることを根拠に、派遣元企業に対して欠勤分の給与の支払いを求めることは可能です。ただし、これには派遣元企業との交渉が必要となります。

また、入社半年未満で有給が付与されていない場合、労働基準法に基づき、6ヶ月以上の勤務で有給休暇が付与されることが原則ですが、企業によってはこれを短縮することもあります。有給休暇の付与については、派遣元企業に確認することが必要です。

最終的には、派遣元企業と派遣先企業の間での取り決めに従うことになりますが、労働者の安全と権利を守るために、労働基準監督署などの関係機関に相談することも一つの手段です。