まず、就業規則と契約書の内容が異なる場合、通常は就業規則が優先されます。就業規則は労働基準法に基づいて作成され、会社全体の労働者に適用されるため、個別の契約書よりも優先されることが一般的です。したがって、あなたが1ヶ月前に退職届を提出したことは、就業規則に基づいて適切な手続きを踏んだと言えます。

次に、有給休暇についてですが、労働基準法により、労働者は一定の条件を満たせば有給休暇を取得する権利があります。会社が有給休暇を拒否することは違法であり、あなたが退職届と一緒に有給休暇申請書を提出したことは適切な行動です。

このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は労働基準法の違反に対して調査を行い、適切な是正措置を取る権限を持っています。また、弁護士に相談して法的なアドバイスを受けることも有効です。

最後に、ブラック会社で働くことは精神的・身体的に大きな負担を強いられることがあります。自分の健康と権利を守るために、適切な手段を講じることが大切です。