会社が残業時間内の休憩時間を変更し、残業代が減額されることについて、不利益変更に該当するかどうかは、労働基準法と労働契約法に基づいて判断されます。労働基準法では、労働者の健康を確保するために、休憩時間の確保が義務付けられています。具体的には、1日6時間を超える労働に対しては少なくとも45分、8時間を超える労働に対しては少なくとも1時間の休憩が必要です。

会社がこれまでの労使慣行に基づいて、残業時間内に15分の休憩を設け、残業代を2時間分として支払っていた場合、これは労働者との間で合意された条件であり、既得権として保護される可能性があります。既得権とは、労働者が労働契約や労働協約、就業規則などに基づいて既に取得した権利を指します。

新しい部長がこの慣行を変更し、残業代を正確に戻すという方針を打ち出した場合、これが不利益変更に該当するかどうかは、労働者の権利が不当に侵害されるかどうかによります。労働契約法では、使用者は労働者に不利益な変更を行う場合、その変更が合理的な範囲内であり、かつ労働者の同意を得る必要があります。

労働組合が存在し、労使慣行に基づく協定書がある場合、この協定書が法的拘束力を持つかどうかが重要です。協定書が労働基準監督署に届け出られている場合、その内容は法的に保護される可能性が高くなります。

法的に対抗手段としては、労働組合を通じて交渉を行うことが考えられます。また、労働基準監督署に相談し、労働基準法に違反していないか確認を依頼することも有効です。労働者個人でも、労働審判や訴訟を起こすことで、既得権を主張することが可能です。

ただし、労働条件の変更が合理的であり、労働者の同意が得られている場合、不利益変更とは認められない可能性もあります。したがって、具体的な状況に応じて、法的な判断が必要となります。