上司がコロナウイルスに感染した場合でも休まないようにと指示することは、一般的には合理的とは言えません。日本の労働基準法により、従業員は健康状態が悪い場合には休暇を取る権利があります。また、コロナウイルスの感染拡大防止の観点からも、感染した従業員が出勤することは他の従業員の健康を危険にさらす可能性があります。したがって、上司がこのような指示を出す場合、従業員は労働基準監督署に相談することができます。また、会社側も感染防止対策を講じることが求められます。