労働基準法において、フレックスタイム制を導入している場合、労働者はある程度の時間帯で勤務時間を自由に設定することができます。しかし、この制度の下でも、労働時間の総枠（清算期間内の総労働時間）は法定労働時間を超えてはならず、超えた場合には割増賃金が支払われる必要があります。

あなたのケースでは、役職がつく前は残業代が支払われていたため、法定労働時間を超えた労働に対して適切に報酬が支払われていたと考えられます。しかし、役職がついた後、残業代が支払われなくなり、時短勤務の時間が給料から差し引かれるようになったことで、法定労働時間を超えた労働に対する適切な報酬が支払われていない状態になっています。

労働基準法第37条により、法定労働時間を超える労働に対しては、2割5分以上の割増賃金を支払うことが義務付けられています。また、時短勤務の時間が給料から差し引かれることは、労働者の権利を侵害する可能性があります。

このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働基準法に基づいて労働条件の是正を行う公的機関であり、労働者の権利を守るための助言や指導を行ってくれます。

また、労働組合に加入することも一つの選択肢です。労働組合は、労働者の権利を擁護し、労働条件の改善を図るための組織であり、個々の労働者が会社と交渉する際の後ろ盾となります。

労働基準法は、労働者の権利を守るための法律であり、適切な労働条件と報酬を確保するためには、この法律を理解し、適切に活用することが重要です。