変形労働時間制とみなし残業代に関するご質問にお答えします。まず、変形労働時間制は、特定の期間（1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月、1年）において、週平均労働時間が40時間を超えない範囲で、労働時間を調整する制度です。しかし、あなたの場合、週平均労働時間が40時間を超えているため、変形労働時間制の条件を満たしていない可能性があります。

次に、みなし残業代についてですが、これは一定の時間分の残業代を固定で支払う制度です。しかし、これは実際の残業時間がその時間を超えた場合、超過分の残業代も支払われるべきです。あなたの場合、4〜9月分までみなし残業代は13時間分しか払われていないとのことですが、これは違法である可能性があります。

また、10月からは残業代を減らすために休憩を増やされたり急に帰らされるとのことですが、これも違法である可能性があります。労働基準法では、労働者の健康を保護するために、一定の休憩時間を確保することが義務付けられています。また、労働者が自発的に帰宅する場合を除き、会社が勝手に労働者を帰宅させることはできません。

これらの問題については、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働基準法の違反を是正するための機関であり、あなたの状況を詳しく聞いて適切なアドバイスをしてくれるでしょう。また、労働組合に加入することも一つの方法です。労働組合は、労働者の権利を守るための組織であり、あなたの状況を法的に支援してくれるでしょう。

以上があなたの質問に対する回答です。ご不明な点があれば、遠慮なくお尋ねください。