はい、ブラック企業に対して未払いの残業代や通勤時間の給与を請求することは可能です。日本の労働基準法により、労働者は法定労働時間を超えた労働に対して残業代を請求する権利があります。また、通勤時間についても、労働者が会社の業務に従事するために必要な時間として、給与の対象となる場合があります。具体的には、以下の手順を踏むことで請求が可能です。

1. 証拠の収集: 残業時間や通勤時間を証明するための証拠を収集します。例えば、タイムカード、業務日誌、電車の乗車記録などがあります。
2. 労働基準監督署への相談: 労働基準監督署に相談し、未払いの残業代や通勤時間の給与を請求するための手続きを行います。労働基準監督署は、労働基準法違反の事実を調査し、是正勧告を行う権限を持っています。
3. 労働審判や訴訟: 労働基準監督署の調査で解決しない場合、労働審判や訴訟を起こすことができます。労働審判は、労働者と使用者の間の紛争を迅速に解決するための手続きです。訴訟は、裁判所を通じて法的な判断を求める手続きです。

ただし、実際の手続きは複雑であり、専門的な知識が必要となる場合があります。そのため、弁護士や労働組合に相談することをお勧めします。また、労働者は、労働基準法に基づく権利を行使することで、公正な労働環境を実現することができます。