労働基準法に基づき、有給休暇は労働者の権利であり、会社は正当な理由なくこれを拒否することはできません。あなたの上司が有給休暇を認めない行為は、労働基準法違反となる可能性があります。

労基署に相談することは、あなたの権利を守るための適切な手段です。労基署は労働者の権利を保護するための機関であり、あなたが会社に居られなくなるということはありません。むしろ、労基署が介入することで、会社は法的に正しい対応を取らざるを得なくなります。

ただし、労基署に相談する前に、まずは会社の人事部門や労働組合に相談することをお勧めします。これにより、内部で問題が解決される可能性があります。それでも問題が解決しない場合には、労基署に相談することが適切です。

また、あなたの上司が嫌がらせを行っていると感じる場合、これはハラスメントとなり得ます。ハラスメントは労働基準法に違反する行為であり、労基署や労働局に相談することで、あなたの権利を守ることができます。

結論として、労基署に相談することはあなたの権利を守るための適切な手段であり、会社に居られなくなるということはありません。むしろ、労基署の介入により、会社は法的に正しい対応を取らざるを得なくなります。