仕事中に起こった事故について、修理代金の支払い義務があるかどうかは、あなたと会社の契約内容や労働基準法に基づいて判断されます。一般的に、会社が提供する社用車を使用中に事故を起こした場合、会社が保険を適用し、免責金額を従業員に請求することがあります。しかし、あなたの場合、個人事業主としての契約であり、かつ過労状態で事故を起こしたという事情があります。これらの要素を考慮すると、免責金額の支払い義務があるかどうかは微妙な問題となります。具体的な判断については、労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。また、会社との交渉も重要です。過労状態での事故については、労働基準法に基づく労働時間の規制や休憩時間の確保などが問題となる可能性があります。これらの点を踏まえて、会社との交渉を行うことが望ましいでしょう。