扶養控除の対象となるためには、配偶者の合計所得金額が一定の範囲内であることが必要です。具体的には、配偶者の合計所得金額が38万円以下（給与収入のみの場合は103万円以下）であることが条件となります。しかし、あなたの場合、昨年度の収入が131万3,000円となり、扶養控除の対象外となってしまいました。

主人の会社から求められている「事業主の証明書」「労働条件通知書」「雇用契約書」の3点は、あなたの収入が一時的なものであるかを確認するためのものです。しかし、あなたの会社の総務からは、契約時間を超えた残業によるものではなく、賞与の加算により収入が増加したとの説明がありました。この場合、事業主の証明書を発行することが難しいと判断されたようです。

今年度は契約内容が見直され、新たな雇用誓約書が作成されたことから、収入が130万円を超えない見込みとのことです。この場合、労働条件通知書と雇用契約書のみの提出でも、扶養控除の対象となる可能性はあります。ただし、これは主人の会社がその判断を下すことになります。

主人の会社に対して、昨年度の収入増加が一時的なものではなく、賞与の加算によるものであったこと、そして今年度は収入が130万円を超えない見込みであることを説明することが重要です。具体的な判断は、主人の会社の方針や規定によるため、直接的な回答を提供することは難しいですが、説明を行うことで扶養控除の継続が認められる可能性があります。