残業代が支払われない会社で働くべきかどうかは、個々の状況によりますが、一般的には労働基準法に違反する行為であり、辞めることを検討すべきです。日本の労働基準法では、労働者が法定労働時間を超えて働いた場合、使用者はその超過時間に対して割増賃金を支払わなければならないと定められています。あなたの場合、残業代が支払われていないだけでなく、早出や昼休みの勤務も義務付けられていることから、労働条件が非常に厳しいと言えます。

また、申請方式であるにもかかわらず、誰も申請していないという状況は、会社が労働者の権利を尊重していないことを示唆しています。このような環境では、長期的には精神的なストレスや健康への悪影響が懸念されます。

一方で、仕事自体は嫌いではないとのことですが、労働環境の不安があるのであれば、それを改善する手段を探ることも重要です。まずは、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための行政機関であり、違法な労働条件に対して是正勧告を行う権限を持っています。

また、会社の人事部や上司に直接話し合い、残業代の支払いや労働条件の改善を求めることも一つの方法です。ただし、この場合は、会社がどのように対応するかによっては、職場環境がさらに悪化する可能性もあるため、慎重に行動する必要があります。

結論として、残業代が支払われない会社で働くべきかどうかは、個々の状況によりますが、労働基準法に違反する行為であり、辞めることを検討すべきです。ただし、辞める前に、労働基準監督署への相談や会社との話し合いを通じて、労働条件の改善を試みることも重要です。