長く勤めている会社で、無期フルタイム社員が「無期フルタイム契約社員」と「正社員」に分けられていますが、やっていることは全く同じで、違いは待遇だけです。入社時から無期フルタイム契約社員となっており、5年ルールは適用されていません。これは待遇差別のためだけのものですか？また、どちらも「無期」だから同一労働同一賃金に該当しないと言って逃げることは通用するのですか？

日本の労働法において、「同一労働同一賃金」の原則は、同じ仕事をしている労働者間での待遇の差別を防ぐために設けられています。しかし、この原則の適用にはいくつかの条件があり、その中には労働契約の種類や雇用形態が含まれます。

ご質問のケースでは、無期フルタイム契約社員と正社員の間に待遇の差があるということですが、両者とも「無期」であるため、労働契約の種類としては同じです。しかし、正社員と無期フルタイム契約社員の間には、例えば退職金制度や福利厚生の違いなど、待遇面での差があることが一般的です。

このような場合、会社が「同一労働同一賃金」の原則に該当しないと主張することは、法的には可能です。なぜなら、この原則は基本的には同じ仕事をしている労働者間での賃金の差別を防ぐものであり、待遇全体を含むものではないからです。

ただし、これが待遇差別のためだけのものであるかどうかは、具体的な状況によります。例えば、同じ仕事をしているにもかかわらず、無期フルタイム契約社員が正社員よりも明らかに低い賃金を受け取っている場合、これは「同一労働同一賃金」の原則に違反する可能性があります。

また、会社がこのような差別的な待遇を正当化するために、無期フルタイム契約社員と正社員の間に実質的な違いを設けている場合（例えば、正社員には与えられているが無期フルタイム契約社員には与えられていない責任や権限がある場合）、これも法的に問題となる可能性があります。

結論として、ご質問のケースでは、会社の主張が法的に通用するかどうかは、具体的な状況や待遇の差の内容によります。もし、待遇の差が明らかに差別的であると感じる場合は、労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。