あなたの質問に対する回答は以下の通りです。

まず、労働基準法に基づくと、有給休暇の時間帯に労働をさせることは違法であり、その時間は残業時間としてカウントされません。これは、労働者が有給休暇を取得した場合、その時間は本来休むべき時間であり、労働する義務はないためです。

あなたの場合、午後半休を取得しているため、その時間帯に働いた分は残業時間としてカウントされないことになります。これは、あなたの会社が労働基準法に従っているためであり、法的には問題ありません。

しかし、あなたの状況を考慮すると、育児のために早退することがあり、その場合は半休を取得していたことがありました。今後、このような状況が発生した場合、子の看護休暇を取得することが必要になるかもしれません。子の看護休暇は、子供の世話をするための休暇であり、この休暇を取得することで、その時間帯に働いた分を残業時間としてカウントすることができます。

したがって、あなたの会社が子の看護休暇を認めている場合、この休暇を取得することで、今までついていた超過分をカウントすることができるかもしれません。ただし、これはあなたの会社の規定によるため、詳細は会社の人事部門に確認することをお勧めします。

また、あなたの会社が子の看護休暇を認めていない場合、あなたの状況を考慮して、会社と交渉することも一つの方法です。ただし、これには会社の理解が必要であり、必ずしも成功するとは限りません。

以上があなたの質問に対する回答です。あなたの状況を考慮して、最適な解決策を見つけることをお勧めします。